Dưới đây là các thử thách sống còn với dự án.

Giống như bất kỳ dự án trong khoảng thời gian kéo dài, có những nhân tố có thể dẫn đến việc chấm dứt của nó. Một số trong số này được trình bày chi tiết dưới đây:

Tiềm ẩn việc đóng cửa Đài thiên văn Arecibo

Hiện tại, SETI@home đang thu thập dữ liệu từ Đài thiên văn Arecibo, điều hành bởi Trung tâm Thiên văn học và Điện ly Quốc gia (National Astronomy and Ionosphere Center) và quản lý bởi SRI International.

Việc giảm ngân sách hoạt động cho đài quan sát đã tạo ra một khoản thâm hụt ngân sách, mà các nguồn khác như các nhà tài trợ tư nhân, NASA, viện nghiên cứu khác, hoặc những tổ chức phi lợi nhuận như SETI@home bù lại được.

Tuy nhiên, xét về lâu dài, bất kỳ đài thiên văn vô tuyến nào cũng có thể thay thế Arecibo, để phục vụ dữ liệu cho hệ thống SETI.

Các dự án tính toán phân tán thay thế

Khi dự án này bắt đầu hoạt động, chỉ có một vài dự án khác cho phép máy tính tham gia hệ thống tính toán phân tán. Tuy nhiên, hiện tại đang có rất nhiều các dự án như vậy.

Chính sách sử dụng máy tính hạn chế hơn trong các doanh nghiệp

Có trường hợp một nhân viên đã bị sa thải vì chạy ứng dụng SETI@home trên các máy tính vốn được dùng vào mục đích công vụ của bang Ohio.[21] Một trường hợp khác một giám đốc IT từ chức sau khi việc cài đặt bị cáo buộc là làm tổn thất 1 triệu đô la Mỹ; tuy nhiên, một vài nguyên nhân khác dẫn tới những sự việc trên là do không có xin phép với cấp trên.

Tính đến ngày 16 tháng 10 năm 2005[cập nhật], đã có xấp xỉ một phần ba công việc tính toán cho BOINC được thực hiện bởi máy tính trường học hoặc máy tính công ty.[22] Những máy tính dạng này được thiệt lập giảm quyền tương tác hệ thống so với máy tính cá nhân bình thường để tăng cường an ninh của toàn hệ thống, điều này thường được thực hiện bởi các quản trị mạng.

Do đó, việc này có thể bù đắp bằng cách tăng năng suất, hiệu năng của các máy tính cá nhân,[cần dẫn nguồn] đặc biệt là với GPUs,[23] điều này cũng mang lại nhiều lợi ích cho các dự án tính toán phân tán khác chẳng hạn như Folding@Home.[24][25] Sự xuất hiện của tính toán di động có để đem đến một nguồn "tài nguyên" lớn đối với tính toán phân tán. Ví dụ, vào năm 2012, Piotr Luszczek (một cựu nghiên cứu sinh của Jack Dongarra), đã có báo cáo so sánh LINPACK benchmark của một chiếc iPad 2 so với hệ thống Cray-2 (Siêu máy tính nhanh nhất thế giới vào năm 1985).[26]

Nguồn tài trợ

Hiện tại, không có bất cứ hỗ trợ nào từ chính phủ cho dự án SETI, và các đầu tư cá nhân cũng thường hạn chế. Phòng thí nghiệm Khoa học Không gian Berkeley cũng đã tim nhiều cách để làm sao hoạt động với chi phí vận hành ít nhất, đồng thời nhận quyên góp để đảm bảo dự án đi đúng hướng với mục đích ban đầu, tuy nhiên cũng phải chia quỹ này cho các dự án SETI khác hay các công trình nghiên cứu khoa học khác.

Vào ngày 16 tháng 12 năm 2007, SETI@home tuyên bố tình trạng khẩn cấp hiện tại và kêu gọi quyên góp 476.000$ để tiếp tục vào năm 2008.

Sự cố về phần cứng và cơ sở dữ liệu

Hiện tại[khi nào?] SETI@home không chỉ sử dụng BOINC mà còn nhiều hệ thống phần cứng, phần mềm(cơ sở dữ liệu) khác. Dự án đã phải tạm dừng một vài lần để nâng cấp cơ sở hạ tầng nhằm phục vụ số lượng lớn người dùng. Những lỗi phần cứng cũng dễ làm cho dự án dừng hoạt động vì nó thường đi kèm với sự cố về cơ sở dữ liệu.